Confirmes-tu que le dernier schéma de Looping est bon et complet ?
Tu parles de 2 shunt distincts C1 et C2 or Looping en met un seul pour les deux circulateurs

Le bypass me pose un souci : qu'est-ce qui garanti qu'à l'activation de C2 le fluide ne vas pas aller du côté chauffage ? Trop de résistance ?
Le fonctionnement exact actuel ne peut se comprendre qu'avec le descriptif précis de qui fait quoi sur ordre de qui.
En l'occurrence pour reposer ton problème :
Chaudière arrêté veut-il bien dire que C1 et C2 ne tournent en aucun cas ?
Si oui tu es sur la seule action de C3.
En se basant sur le dernier schéma de Looping :
- tu ne passes donc jamais dans ton radiateur (trop de résistance par rapport au simple tuyau devant)
- tu ne fais donc jamais de chauffage par le bouilleur ?

Hypothèse :
- ta vanne mélangeuse n'est jamais complètement fermée, permet toutes les circulations et offre moins de résistance que la chaudière.
- le fluide remonte par le retour froid de la vanne
- passage vers le radiateur.
- tu boucles à nouveau sur le tuyau avant le radiateur
Faire tourner C1 en même temps que C3 fera boucler le circuit par la chaudière : tu n'atteindras toujours pas le serpentin.
Solution envisageable :
- mette une V3V sélectives à la remontée sur la vanne (et voir peut être une sur la chaudière) qui sera commandée par la mise en route de C3